W roku 1949 Ordynator Oddziału Chirurgii Ogólnej dr n. med. Wojciech Staszewski wydzielił, po raz pierwszy w Bydgoszczy, 30 łóżek urologicznych powołując odpowiedzialnym za utworzenie pododdziału urologii dr. Lucjana Nowackiego oraz asystentów dr. Antoniego Jedruszka i dr. Józefa Jankowskiego.
W roku 1955 dr Nowacki został formalnie powołany na samodzielne stanowisko pierwszego ordynatora Oddziału Urologii. Po jego rezygnacji na stanowisko ordynatora w drodze konkursu został powołany dr Henryk Gajewski. Pierwszymi lekarzami specjalizującymi się w zakresie urologii byli: dr Zdzisław Jarzemski, dr Eugeniusz Boryk, dr Ferdynand Tyloch, dr Tadeusz Lisik, dr Andrzej Lakner, a następnie Romuald Lewandowski. W okresie 30 lat praktyki dr Henryk Gajewski wyspecjalizował 13 urologów, w tym kilku ordynatorów oddziałów urologii. Położył podwaliny pod rozwój nowoczesnej endourologii wprowadzając zabiegi przezcewkowej elektroresekcji gruczołu krokowego i nowotworów pęcherza.
W roku 1985 na bazie Oddziału Urologii utworzono Klinikę Urologii nowo powstałej Akademii Medycznej w Bydgoszczy. Kierownikiem Kliniki został doc. dr hab. med. Stanisław Wróbel.
W roku 1989 reaktywowano Oddział Urologii, którego ordynatorem został dr n. med. Zdzisław Jarzemski. W okresie 10 lat kierowania oddziałem dr Jarzemski kontynuował rozwój endourologii wprowadzając zabiegi PCNL i URS oraz operacje laproskopowe. Ponadto rozwinął nowoczesną onkologię wprowadzając operacje radykalnej nefrektomii, prostaektomii, cystektomii, cystoprostatektomii oraz zabiegi odtwórcze pęcherza jelitowego. Wyspecjalizował 8 urologów, czterech z nich w tym czasie uzyskało tytuł doktora nauk medycznych.
Od stycznia 2000 roku funkcje ordynatora Oddziału Urologii pełni dr n. med. Piotr Jarzemski. W roku 2009 Szpital Wojewódzki im. dr. Jana Biziela zostaje włączony w struktury Collegium Medicum, Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu i przekształcony w Szpital Uniwersytecki nr 2 im. dr. Jana Biziela w Bydgoszczy. Oddział Urologii przyjmuje nazwę: Oddział Urologii Laparoskopowej, Ogólnej i Onkologicznej.